Penelitian ini memiliki tujuan untuk mengevaluasi dan menganalisis sistem informasi akuntansi penggajian dan pengupahan pada pegawai KPP Pratama Merauke. Evaluasi dan analisis yang dilakukan agar dapat diketahui sistem informasi yang dilakukan apakah telah sesuai dengan standar prosedur yang telah ditetapkan, dengan maksud agar pelaksanaan sistem informasi penggajian dan pengupahan pada KPP Pratama Merauke dapat berjalan dengan baik sesuai prosedur. Metode penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif kualitatif. Analisis yang digunakan adalah dengan mengevaluasi dan menganalisis sistem informasi penggajian dengan prosedur yang ada pada KPP Pratama Merauke. Data yang digunakan dalam proses analisis adalah data hasil dari wawancara, observasi, dan studi pustaka. Dengan data yang diperoleh diketahui bahwa pegawai pelaksana yang baru bekerja sesuai dengan arahan pegawai senior sebelumnya tanpa adanya pembekalan terkait prosedur, sehingga jika terdapat ketidak tahuan proses kerja atau kesalahan dalam bekerja akan konsultasi terlebih dahulu. Akan tetapi secara menyeluruh proses alur kerja yang dilaksanakan telah sesuai, sehingga disimpulkan bahwa evaluasi sistem informasi penggajian dan pengupahan pada pegawai KPP Pratama Merauke telah berjalan dengan baik sesuai prosedur. Berdasarkan hasil penelitian rekomendasi yang diberikan yaitu dengan mempertahankan sistem informasi yang telah berjalan baik serta melakukan pelatihan, pengembangan, dan pemeliharaan kompetensi pegawai, agar para pegawai tetap terjaga kompetensinya terhadap pengelolaan penggajian dan pengupahan pada KPP Pratama Merauke.