Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik gen GDF9 dan gen BMPR1B untuk kemudian digunakan sebagai kandidat penanda genetik terhadap sifat reproduksi pada Sapi Bali. Penelitian ini menggunakan 30 sampel darah Sapi Bali (15 jantan dan 15 betina). Amplifikasi gen GDF9 dilakukan pada exon 1 dengan product size sebesar 915 bp dan exon 2 dengan product size sebesar 981 bp. Amplifikasi gen BMPR1B pada exon 5 dengan product size sebesar 307 bp. Gen GDF9 dilakukan RFLP dengan Enzim NdeI sedangkan gen BMPR1B dilakukan direct sequencing. Ditemukan variasi genotipe pada gen GDF9 exon 1 yaitu genotipe CC dan CA. Tidak ditemukan variasi genotipe pada gen GDF9 exon 2 dan gen BMPR1B. Perlu studi lebih lanjut untuk menjadikan gen GDF9 dan BMPR1B sebagai kandidat penanda genetik terhadap sifat reproduksi pada Sapi Bali.