Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi gen COQ9 dan STAT5A untuk selanjutnya dilakukan proses analisis dan pembandingan variasi SNP pada penelitian penelitian yang telah dilakukan sebelumnya, sehingga nantinya dapat digunakan sebagai penanda marker genetic sifat reproduksi pada sapi bali. Penelitian dilaksanakan pada bulan februari-juni 2023. Keseluruhan tahapan penelitian dilaksanakan di Laboratorium  Produksi Ternak Program Studi Peternakan, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret Surakarta. Amplifikasi DNA sapi bali gen COQ9 menggunakan primer forward 5’AGTTTCTGTTTCAGTGCCCCG’3 dan reverse 5’GCAGGTGTTCTGATGCCTACC’3, STAT5A menggunakan primer forward 5’GAGAAGTTGGCGGAGATTATC’3 dan reverse 5’CCGTGTGTCCTCATCACCTG’3. Hasil penelitian menunjukan bahwa tidak ditemukan variasi genetik pada sapi bali dengan menggunakan gen COQ9 dan STAT5A dikarenakan terdapat perbedaan genetiknya. Berdasarkan hasil penelitian, gen COQ9 dan STAT5A pada sapi bali belum bisa digunakan sebagai penanda genetik untuk sifat reproduksi. Perlu studi lebih lanjut dengan lebih banyak sampel untuk menggunakan gen COQ9 dan STAT5A sebagai penanda marker genetik pada sapi bali