Heat stress menjadi tantangan signifikan bagi performa ternak, terutama di wilayah tropis. Sapi Bali (Bos javanicus), ras asli Indonesia, telah beradaptasi dengan baik terhadap iklim tropis dan menunjukkan ketahanan yang luar biasa terhadap tekanan lingkungan, dengan referensi genom yang baru-baru ini diterbitkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi variasi keluarga gen Heat Shock Protein (HSP) pada sapi untuk memahami termotoleran pada sapi Bali. Tiga eksperimen dilakukan: mengidentifikasi kandidat gen HSP, genotyping gen yang terpilih dan melakukan sekuensing pada gen yang dipilih. Penentuan kandidat dilakukan dengan membandingkan urutan nukleotida dari enam gen HSP antara Bos taurus, Bos indicus, dan Bos javanicus menggunakan NCBI BLAST, serta didukung oleh tinjauan literatur mengenai studi asosiasi dengan sifat termotoleran. Selanjutnya, 60 sampel DNA sapi Bali digenotyping menggunakan AS-PCR dengan primer referensi. Terakhir, dilakukan sekuensing untuk seluruh nukleotida pada gen terpilih. Hasil menunjukkan bahwa di antara gen HSP pada Bos javanicus, HSP90AB1 memiliki nilai similarity tertinggi: 99.05?ngan Bos taurus dan 99.05?ngan Bos indicus. SNP pada gen HSP90AB1 ditemukan berasosiasi dengan sifat toleransi panas. Hasil AS-PCR pada gen HSP90AB1 tidak menunjukkan variasi pada populasi sampel sapi Bali, dengan hanya satu alel (T) dan satu genotipe (TT). Berdasarkan sekuensing, ditemukan total 127 SNP pada ekson 2 hingga 6. Ekson 6 menunjukkan jumlah mutasi tertinggi, dengan 45 substitusi yang terdiri dari 15 silent mutations dan 30 missense mutations. HSP90AB1 dapat digunakan sebagai kandidat penanda genetik sifat termotoleran pada sapi Bali.