Brebes Jawa Tengah termasuk salah satu daerah penghasil bawang merah terbesar di Indonesia. Penurunan produktivitas dapat disebabkan oleh penyakit moler. Tanah supresif memiliki aktivitas mikroba yang dapat bersifat antagonis pada patogen tular tanah. Pengendalian penyakit berbasis kesupresifan tanah dapat dilakukan melalui seleksi mikroba antagonis dari hasil isolasi tanah supresif sebagai agen pengendali hayati. Bacillus merupakan salah satu bakteri rizosfer yang mampu menekan pertumbuhan patogen. Penelitian ini bertujuan untuk mencari isolat Bacillus rizosfer yang efektif menekan pertumbuhan Fusarium oxysporum f.sp. cepae (FOCe) secara in vitro. Penelitian dilakukan di Desa Songgom, Kecamatan Songgom, Brebes dan di Laboratorium Terpadu Universitas Sebelas Maret Surakarta pada bulan September 2022 hingga Januari 2023. Pengambilan sampel tanah rizosfer dilakukan secara Purposive Random Sampling. Bacillus rizosfer bawang merah diisolasi menggunakan metode pengenceran berseri. Untuk menguji antagonsime Bacillus  tehadap FOCe dilakukan menggunakan uji dual culture, uji antibiosis kultur filtrat, uji antibiosis volatil, uji IAA, dan uji aktivitas kitinase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi bakteri pada rizosfer bawang merah tanah supresif lebih banyak dari tanah kondusif. Populasi bakteri pada rizosfer tanah supresif sebanyak 38,37x108 cfu/g-1 tanah sedangkan pada rizosfer tanah kondusif memiliki populasi bakteri sebanyak 10,4x108 cfu/g-1 tanah. Bacillus mampu menghambat pertumbuhan FOCe melalui beberapa cara yaitu senyawa antibiosis yang terdiri dari filtrat antibiosis dan volatil antibiosis, IAA, dan enzim kitinase.