Kedelai (Glycine max L.) merupakan tanaman polong yang merupakan sumber utama protein dan minyak nabati di dunia. Kedelai juga merupakan salah satu bahan pangan terpenting di Indonesia selain padi dan jagung. Data hasil produksi kedelai dalam negeri pada tahun 2021 menurun dibandingkan tahun 2020, dari yang sebelumnya 54,694 ton menjadi 54,415 ton. Penerapan sistem agroforestri berbasis sengon menunjukkan produktivitas lahan yang lebih tinggi dibandingkan tanaman pada sistem monokultur. Selain itu, penanaman berbasis sengon dapat meningkatkan kualitas kesuburan tanah. Salah satu upaya untuk melengkapi sistem agroforestri adalah dengan pemupukan organik yang mengacu pada keamanan lahan. Penelitian ini dilaksanakan pada April 2022 - Februari 2023 di Desa Sukosari, Kecamatan Jumantono, Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL). Faktor perlakuan berupa pupuk organik dan anorganik dengan 7 macam pupuk dan 3 ulangan. Jarak tanam yang digunakan dalam penelitian ini adalah 30×20 cm. Faktor yang digunakan adalah berbagai macam pupuk organik yang terdiri dari 7 perlakuan, yaitu: T1: Pupuk kotoran ayam, T2: Pupuk kotoran sapi, T3: Pupuk kotoran kambing, T4: Pupuk anorganik, T5: Pupuk limbah ekstraksi indigofera, T6: Pupuk tongkol jagung, T7: Pupuk hijau (brangkasan kacang tanah). Variabel pengamatan terdiri atas tinggi tanaman, jumlah daun, indeks luas daun, jumlah polong, jumlah nodul, biomassa akar, biomassa daun, biomassa batang, panjang akar. Data pengamatan dianalisis menggunakan uji sidik ragam atau Analysis of Variance (ANOVA) kontras ortogonal taraf 5%. Untuk membandingkan perbedaan pengaruh antar perlakuan pupuk organik dan anorganik. Hubungan antar variabel dianalisis dengan analisis korelasi. Hasil penelitian menunjukkan pupuk organik lebih meningkatkan tinggi tanaman, jumlah daun, biomassa daun, biomassa batang dalam pertumbuhan kedelai dibandingkan pupuk anorganik. Pupuk organik hewan (pupuk kotoran sapi, pupuk kotoran ayam, pupuk kotoran kambing) lebih meningkatkan dalam pertumbuhan kedelai dibandingkan pupuk organik tumbuhan (pupuk indigofera, pupuk tongkol jagung, pupuk hijau). Pupuk kotoran kambing dan pupuk tongkol jagung lebih meningkatkan dalam pertumbuhan kedelai di sistem agroforestri berbasis sengon.