Media pembelajaran merupakan salah satu faktor penting untuk memberdayakanpeningkatan keterampilan proses sains siswa. Penelitian ini bertujuan: 1) Untukmengetahui karakteristik E-Modul berbasis Discovery learning untukmeningkatkan keterampilan proses sains siswa pada materi ekologi dankeanekaragaman hayati. 2) Untuk menganalisis kelayakan E-Modul berbasisDiscovery learning untuk meningkatkan keterampilan proses sains siswa padamateri ekologi dan keanekaragaman hayati. 3) Untuk menganalisis keefektivanE-Modul berbasis Discovery learning untuk meningkatkan keterampilan prosessains siswa pada materi ekologi dan keanekaragaman hayati. Jenis penelitian iniadalah penelitian dan pengembangan (R&D). Sampel penelitian terdiri atas 132siswa dengan kelas kontrol dan eksperimen di MTSN 1 Fillial Kartasura danMTSN 1 Sukoharjo. Pengambilan data kelas kontrol dan eksperimen disebarkanmelalui angket atau kuesioner kemudian diuji validitasnya dengan menggunakanuji Nilai Koefisien Aiken's. Hasil Karakteristik e-modul memiliki tampilan yangsederhana, interaktif, dan komunikatif. Selain itu, e-modul sudah terintegrasidengan model discovery learning yang dapat memberdayakan keterampilanproses sains siswa. Hasil analisis Kelayakan E-Modul berbasis discoverylearning berkisar 71.00?ngan kategori sedang. E-Modul berbasis discoverymemiliki tingkat efektivitas yang tinggi dimana hasil analisis menunjukkanbahwa nilai signifikansi Sig. 2-tailed (0.00) <0>perbedaan yang signifikan antara pretest dan posttest. Hasil analisis keefektivanE-Modul berbasis discovery menunjukkan bahwa terdapat peningkatansignifikan antara pretest dan postest pada MTS fillial dan MTS 1 Sukoharjo. PadaMTS 1 Sukoharjo hasil pretest berkisar 58.56 sedangkan hasil postestmenunjukkan bahwa terdapat peningkatan yang signifikan dengan nilaipersentase berkisar 86.97. Sedangkan pada MTS Fillial nilai pretest berkisar56.82 setelah diberikan pembelajaran dengan E-modul berbasis discoverymengalami peningkatan yang signifikan dengan perolehan nilai postest berkisar83.82.