Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui pengaruh penerapan metode Argument Mapping dan Concept Mapping terhadap keterampilan berpikir kritis peserta didik pada materi sistem imun manusia, 2) mengetahui perbedaan tingkat signifikansi penerapan metode Argument Mapping dan Concept Mapping terhadap keterampilan berpikir kritis. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif dengan jenis quasi eksperiment/eksperimen pretest-postest control group design. Populasi penelitian ini adalah seluruh siswa kelas XI MIPA SMA Batik 2 Surakarta tahun Pelajaran 2024/2025. Pengambilan sampel dilakukan dengan teknik cluster random sampling, sejumlah 3 kelas, yaitu 2 kelas eksperimen dan 1 kelas kontrol. Pengumpulan data dengan metode tes pada fase awal dan akhir yang mengacu pada indikator keterampilan berpikir kritis, angket, dan dokumentasi. Teknik analisis data menggunakan uji ancova untuk mengetahui pengaruh perlakuan terhadap perubahan dengan kontrol yang diberikan. Hasil uji hipotesis penelitian ini adalah: 1) Terdapat pengaruh keterampilan berpikir kritis melalui penerapan model Guided Discovery Learning   dan metode Argument Mapping dan Concept Mapping pada materi sistem imun manusia, 2) Terdapat perbedaan tingkat signifikansi antara ketiga kelompok, kelompok Argument Mapping berbeda signifikan dengan kelompok Kontrol, adapun kelompok Argument Mapping berbeda namun tidak signifikan dengan metode Concept Mapping.