Penanda Inter-Simple Sequence Repeat (Issr) Digunakan Untuk Mengetahui Variasi Genetik Pada Selaginella Ciliaris Di Wilayah Eks- Karesidenan Kedu. Tujuan Penelitian Ini Adalah Untuk Mengetahui Keragaman Serta Hubungan Kekerabatan S. Ciliaris Di Wilayah Eks- Karesidenan Kedu Berdasarkan Karakter Issr. Sebanyak 27 Sampel S. Ciliaris Yang Dikumpulkan Dari Berbagai Wilayah Di Eks- Karesidenan Kedu Dianalisis Menggunakan Tiga Primer Issr Yaitu Sbs 811, Sbs 812, Dan Sbs 835. Analisis Menghasilkan 49 Pita Dna Yang 100% Merupakan Pita Polimorfik. Hasil Amplifikasi Dengan Menggunakan Tiga Primer Tersebut Menunjukkan Adanya Keragaman Genetik Yang Tinggi, Dengan Nilai Indeks Similaritas (Is) Yang Rendah Yaitu Pada Kisaran 0%- 8,16%. Hasil Penelitian Ini Membuktikan Adanya Keragaman Genetik Pada S. Ciliaris Di Wilayah Eks Karesidenan Kedu