Anggrek merupakan salah satu komoditas tanaman hias yang memiliki peran penting dalam sektor perdagangan tanaman pada taraf internasional. Ragam variasi pada kualitas tanaman anggrek merupakan keunggulan tanaman tersebut, Varietas unggul dapat diciptakan dengan cara yang spontan yaitu dengan mutasi induksi atau pemberian sinar radiasi pada tanaman. Penyinaran akan menghasilkan mutan sesuai yang diharapkan. Perubahan materi genetik yang diturunkan secara spontan dalam tumbuhan menghasilkan keragaman genetik dan fenotik yang beragam. Evaluasi keragaman genetik dalam sebuah populasi dapat dilakukan melalui penilaian hubungan kekerabatannya. Tingkat keragaman genetik yang dihasilkan tersebut diperlukan dalam pemuliaan tanaman untuk menunjukkan tingkatan serta hubungan antar kultivar sebagai dasar seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik mutan anggrek hasil persilangan Vanda celebica X Vanda deareI berdasarkan penanda ISSR (Inter Simple Sequences Repeat).
Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika dan PemuliaanTanaman Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta dilaksanakan dari bulan November 2020 sampai bulan Januari 2021. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif dengan membaca pita DNA hasil elektroforesis dan melihat keragaman genetik dengan NTSYS-pc berdasarkan marka penanda ISSR (Inter simple Sequences Repeat). Primer ISSR yang digunakan sebanyak 5 primer, yaitu UBC-834, UBC-880, UBC-835, UBC-810, dan UBC-815. Bahan yang digunakan adalah 6 mutan tanaman anggrek hasil persilangan Vanda celebica dan Vanda dearei yang telah diradiasi dengan sinar 0gy,10gy,20gy dan 30gy dengan morfologi yang berbeda dengan kontrol. Analisis data dilakukan dengan pemberian skor untuk pita yang muncul. Skor 1 diberikan untuk pita yang muncul sedangkan untuk pita yang tidak muncul diberi skor 0. Selanjutnya, data skoring dianalisa dengan perangkat lunak NTSYS-pc untuk mengetahui kemiripan genetik atau dendogram dan perangkat lunak GenAlex untuk mengetahui PcOA.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa Iradiasi sinar gamma mampu menginduksi keragaman genetik pada mutan anggrek hasil persilangan Vanda celebica dan Vanda dearei. Hasil amplifikasi DNA 5 mutan anggrek hasil persilangan Vanda celebica dan Vanda dearei dan 1 pembandingnya menggunakan 5 primer  menunjukan rentang kemiripan genetik 62% - 86% dan jarak genetik sebesar 14-38%.  Hasil analisis clustering pola pita ISSR menggunakan metode UPGMA pada koefisien kemiripan 0.71 dan analisis komponen utama terhadap 5 mutan anggrek hasil persilangan Vanda celebica dan Vanda dearei dan 1 pembandingnya mampu dibedakan dengan tegas menjadi 3 kelompok utama.