Anggrek bulan (Phalaenopsis sp.) merupakan anggrek yang masuk dalam familia Orchidaceae. Masing-masing spesies, genus, dan varietas anggrek memiliki bunga khas/ unik serta menarik perhatian, salah satunya genus Phalaenopsis yang sangat populer. Bunga Phalaenopsis mampu mekar selama 2 hingga 4 bulan dan menjadi tanaman hias bernilai ekonomi tinggi. Pengembangan varietas baru dengan persilangan banyak dilakukan untuk memunculkan anggrek dengan ragam warna dan corak berbeda melalui pemuliaan tanaman. Keragaman spesies dapat disebabkan karena persilangan sehingga menyebabkan perubahan susunan genetik dalam varietas. Persilangan akan memperkaya keragaman genetik anggrek Phalaenopsis. Genetik setiap anggrek hasil persilangan dan perbanyakan secara kultur jaringan dapat diketahui keragamannya melalui penanda molekuler. Penanda ISSR dapat menunjukkan keragaman genetik suatu tanaman. Penelitian mengenai keragaman genetik anggrek Phalaenopsis Shu Long Beauty berdasarkan penanda ISSR dilakukan untuk memberikan informasi genetik P. Shu Long Beauty. Penelitian bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik dan mendapatkan pengelompokan sampel anggrek P. Shu Long Beauty berdasarkan penanda ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, Univeritas Gadjah Mada, Yogyakarta dilaksanakan pada bulan Januari hingga Juni 2024. Bahan yang digunakan adalah 6 sampel dari anggrek P. Shu Long Beauty. Analisis molekuler menggunakan 5 primer ISSR untuk amplifikasi, yaitu UBC-810, UBC-815, UBC-834, UBC-835, dan UBC-880. Data dianalisis dengan cara skoring menggunakan Gel Analyzer kemudian data biner diolah menggunakan software NTSYS-pc (Numeral Taxonomic System) versi 2.02. Analisis kluster dalam bentuk dendrogram dibangun dengan  metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmetic). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik pada sampel anggrek P. Shu Long Beauty hasil kultur biji. Amplifikasi DNA pada 6 sampel anggrek P. Shu Long Beauty menggunakan 5 primer menghasilkan amplifikasi pita  yang cukup jelas dan terang pada ukuran 400 bp -3000 bp. Pita teramplifikasi sebanyak 39 pita pada 5 primer ISSR. Persentase polimorfik 60-100% dan persentase monomorfik 0-40%. Rentang kemiripan genetik 67-83% dan keragaman genetik 17-33%. Hasil analisis clustering menggunakan metode UPGMA menghasilkan tiga kluster atau kelompok utama pada anggrek P. Shu Long Beauty.