Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan kualitas pembelajaran biologi yang meliputi aspek: performance guru, kemanfaatan fasilitas pembelajaran, iklim kelas, sikap siswa siswa, dan motivasi belaar pada siswa kelas XI IPA 2 SMAIT Nur Hidayah tahun pelajaran 2012/2013. Penelitian ini merupakan penelitian tindakan kelas yang dilaksanakan dalam dua siklus. Setiap siklus terdiri atas 4 tahapan yaitu perencanaan, tindakan, observasi, dan refleksi. Pengumpulan data penelitian menggunakan angket, observasi, dan wawancara. Teknik validasi data menggunakan teknik triangulasi metode dan triangulasi observer. Teknik analisis data menggunakan teknik deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan hasil triangulasi rata-rata persentase aspek: performance guru prasiklus (56, 67%), siklus I (76,67%), dan siklus II (93,33%); iklim kelas prasiklus (53, 67%), siklus I (76,18%), dan siklus II (80, 56%); sikap siswa prasiklus (56, 69%), siklus I (73, 23%), dan siklus II (80, 18%); dan motivasi belajar prasiklus (56, 88%), siklus I (58, 28%), dan siklus II (81, 91%); kemanfaatan fasilitas pembelajaran semakin meningkat ditunjukkan dari penggunaan media LCD yang sebelumnya jarang digunakan, torso, dan gambar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata capaian persentase aspek kualitas pembelajaran biologi untuk prasiklus (55,98%), siklus I (71,09%), dan siklus II (84,00%). Adapun peningkatan aspek kualitas pembelajaran biologi dari hasil prasiklus sampai siklus II sebesar 28,02%. Siklus dihentikan dalam siklus II karena target penelitian telah tercapai. Kesimpulan dari penelitian ini adalah penerapan model pembelajaran inkuiri terbimbing dilengkapi dengan modul berbasis kompendium Al Qur’an dan Hadits dapat meningkatkan kualitas pembelajaran biologi yang meliputi aspek performance guru, iklim kelas, sikap siswa, dan motivasi belaar pada siswa kelas XI IPA 2 SMAIT Nur Hidayah tahun pelajaran 2012/2013. Kata kunci: Inkuiri terbimbing, Kompendium Al Qur’an, Hadits, Kualitas pembelajaran biologi.