Kemampuan berpikir kritis merupakan kemampuan tingkat tinggi yang harus dimiliki oleh siswa untuk menghadapi pembelajaran abad 21. Kemampuan berpikir kritis dapat ditingkatkan dengan penggunaan media pembelajaran yang inovatif serta model pembelajaran yang aktif, salah satunya adalah inkuiri terbimbing.  Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui karakteristik e-modul berbasis inkuiri terbimbing materi sistem pernapasan manusia untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa; 2) menghasilkan e-modul berbasis inkuiri terbimbing materi sistem pernapasan manusia yang layak untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa; 3) menghasilkan e-modul berbasis inkuiri terbimbing materi sistem pernapasan manusia yang efektif untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa.

Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian pengembangan (R&D), yang mengacu pada model pengembagan Borg and Gall yang dimodifikasi dan disesuaikan dengan keadaan di lapangan, yang terdiri dari sembilan tahapan, yaitu: 1) penelitian dan pengumpulan data, 2) perencanaan, 3) pengembangan rencana awal poduk, 4) uji coba produk awal, 5) revisi tahap pertama, 6) uji coba lapangan terbatas, 7) revisi tahap kedua, 8) uji lapangan operasional, dan 9) produk akhir.   Teknik pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan Teknik wawancara, angket, dan validasi ahli, dan penilaian keterlaksanaan sintaks. Karakteristik e-modul diperoleh berdasarkan studi pendahuluan dan studi literatur. Uji kelayakan e-modul diperoleh berdasarkan hasil validasi yang dilakukan oleh ahli. Sedangkan keefektivitas e-modul menggunakan uji N-Gain dan dilanjutkan dengan Uji-T.

Hasil dari penelitan ini menunjukkan: 1) Karakteristik e-modul yang dikembangkan pada materi sistem pernapasan manusia diintegrasikan dengan sintaks inkiri terbimbing yang disesuaika dengan kemampuan siswa dan dilengkapi dengan soal pretest dan posttest, materi, LKPD yang dapat diakses dengan mudah menggunakan Google Sites. 2) Pengembangan e-modul materi sistem pernapasan manusia layak digunakan untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa. 3) Pengembangan e-modul materi sistem pernapasan manusia efektif digunakan untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa.