Penyakit moler merupakan masalah utama dalam budidaya bawang merah yang di-sebabkan oleh Fusarium oxysporum f.sp. cepae. Upaya pengendalian penyakit moler dapat dilakukan dengan menggunakan mikoriza sebagai agen biokontrol. Penggunaan mikoriza juga dapat dikombinasikan dengan kompos karena bahan organik dapat meningkatkan jumlah miselium mikoriza. Namun, penggunaan fungsida yang umum dilakukan petani untuk pengendalian moler berdampak buruk bagi jamur non patogen dalam tanah seperti mikoriza. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji pengaruh aplikasi fungisida terhadap efektivitas mikoriza dalam kompos pada pengendalian moler. Penelitian dilaksanakan di Brebes dan di Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman UNS sejak Oktober 2020 hingga Desember 2021. Penelitian ini disusun dalam rancangan acak lengkap (RAL) dengan kombinasi fungisida, mikoriza, dan kompos sejumlah 12 perlakuan dan tiga ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fungisida dapat menurunkan efektivitas mikoriza pada pengendalian penyakit moler. Adapun jenis bahan aktif fungisida yang paling menekan efektivitas mikoriza yaitu fungisida klorotalonil 75%.