Kedelai, sebagai salah satu sumber pangan utama bagi masyarakat, berfungsi sebagai sumber protein nabati yang permintaannya terus meningkat setiap tahun. Konversi lahan yang meluas setiap tahun dan anomali iklim telah mengakibatkan produksi kedelai yang suboptimal. Salah satu alternatifnya adalah budidaya menggunakan sistem agroforestri yang didukung oleh pemupukan organik dan aplikasi biofertilizer untuk mengoptimalkan pertumbuhan dan hasil panen tanaman kedelai. Penelitian ini mengkaji peran pupuk Indigofera tinctoria dan biofertilizer terhadap pertumbuhan dan hasil panen tanaman kedelai yang dibudidayakan dalam sistem agroforestri sengon. Penelitian ini dilakukan di Desa Ngunut, Kecamatan Jumantono, Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah, dari September hingga November 2026. Rancangan blok acak lengkap yang terdiri dari dua faktor digunakan. Faktor pertama adalah pupuk Indigofera tinctoria (10, 20, dan 30 ton/ha). Faktor kedua adalah biofertilizer kombinasi rhizobia dan mikoriza (5, 10, dan 15 g). Analisis data dilakukan menggunakan analisis varians (ANOVA) pada tingkat kepercayaan 95%, diikuti oleh Uji Jarak Berganda Duncan (DMRT). Hubungan antar variabel yang diamati dianalisis menggunakan uji korelasi Pearson. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pupuk Indigofera tinctoria dengan dosis 30 ton/ha meningkatkan jumlah daun, berat segar biomassa tanaman, berat kering biomassa tanaman, penyerapan nitrogen, dan penyerapan fosfor. Biofertilizer dengan dosis 15 g meningkatkan tinggi tanaman, jumlah polong per petak, dan berat 100 biji.