Pembelajaran biologi memerlukan media yang sesuai untuk mendukung pemahaman konsep dan keterampilan proses sains peserta didik, terhadap materi klasifikasi makhluk hidup sub materi Phanerogamae. Penelitian bertujuan untuk (1) menganalisis karakteristik modul elektronik melalui pembelajaran berbasis proyek (2) menganalisis kelayakan modul elektronik melalui pembelajaran berbasis proyek (3) menganalisis kepraktisan modul elektronik melalui pembelajaran berbasis proyek (4) menguji efektivitas modul elektronik melalui pembelajaran berbasis proyek pada materi klasifikasi makhluk hidup guna meningkatkan pemahaman konsep  klasifikasi dan keterampilan proses sains, khususnya pada kelas X fase E. Penelitian ini merupakan penelitian research and development dengan metode pengembangan ADDIE. Sampel penelitian ditentukan menggunakan teknik purposive sampling yang terdiri atas dua kelas X8 dan X9 SMA di Sukoharjo dengan dipilih melalui purposive sampling. Analisis data yang digunakan yaitu deskripif kuantitatif dan kualitatif untuk mengevaluasi pengaruh modul elektronik. Data kualitatif berupa saran dan kritik para ahli untuk karakteristik modul melalui wawancara guru dan peserta didik. Uji kepraktisan respon soal dengan Rasch model. Uji efektifitas pemahaman konsep menggunakan ANCOVA dan keterampilan proses sains dengan data kuantitatif yang diperoleh melalui lembar validasi dan observasi keterampilan proses sains menggunakan skala Likert 1-4. Modul elektronik yang dikembangkan memiliki karakteristik berupa penyajian materi dan aktivitas praktikum berbasis proyek yang dirancang untuk memberdayakan pemahaman konsep serta keterampilan proses sains peserta didik pada materi klasifikasi tumbuhan Phanerogamae. Hasil kelayakan modul validasi oleh ahli materi, ahli media, dan ahli pedagogi menunjukkan bahwa modul elektronik dinyatakan valid dan layak digunakan dalam pembelajaran. Hasil tingkat kepraktisan yang sangat tinggi berdasarkan penilaian guru (95%) dan respons peserta didik (98%). Kepraktisan modul diukur melalui uji coba terbatas menggunakan Rasch Model dengan hasil Cronbach's Alpha sebesar 0,74. Modul juga terbukti efektif ditunjukkan melalui hasil analisis ANCOVA yang menunjukkan adanya perbedaan signifikan antara kelas eksperimen dan kelas kontrol (p < 0,05), memberikan pengaruh terhadap peningkatan pemahaman konsep. Keterampilan proses sains peserta didik pada kelas eksperimen menunjukkan perkembangan yang baik pada berbagai aspek, meliputi kemampuan mengamati, mengklasifikasikan, menginterpretasikan data, mengomunikasikan hasil, serta menarik kesimpulan selama kegiatan pembelajaran berlangsung. Dengan demikian, modul elektronik berbasis proyek dapat digunakan sebagai media pembelajaran yang efektif dalam mendukung peningkatan pemahaman konsep dan keterampilan proses sains peserta didik.