Eco-enzyme merupakan cairan dari proses fermentasi limbah organik, gula, dan air. Kabupaten Boyolali sebagai penghasil pisang dan pepaya yang tinggi memiliki potensi pemanfaatan limbah kulit buah menjadi eco-enzyme. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan dan potensi manfaat dari eco-enzyme berbahan kulit buah pisang kepok, pepaya MJ9, dan campurannya. Penelitian ini dilakukan di UPT Laboratorium UNS Terpadu. Eco-enzyme difermentasi selama tiga bulan dengan rasio 1:3:10 dan tiga varian rasio bahan organik. Pengumpulan data diperoleh melalui pencatatan, observasi, pengujian langsung, uji laboratorium, dan studi literatur. Analisis data dilakukan dengan metode deskriptif kuantitatif. Hasil penelitian menunjukkan eco-enzyme kulit pisang kepok memiliki kadar alkohol 17,38-21,95%, pH 3,93, BOD 11.025,6 mg/l, COD 42.768,1 mg/l, TDS 2.244,4 ppm, serta flavonoid, saponin, dan tanin. Eco-enzyme kulit pepaya MJ9 memiliki kadar alkohol 17,57-19,37%, pH 3,73, BOD 14.394,3 mg/l, COD 44.536,2 mg/l, TDS 2000 ppm, serta flavonoid. Eco-enzyme campuran kulit pisang kepok dan pepaya MJ9 memiliki kadar alkohol 16,60-18,91%, pH 3,867, BOD 12.863,1 mg/l, COD 44.120,4 mg/l, TDS 2.120 ppm, serta flavonoid dan tanin. Potensi umum eco-enzyme adalah hand sanitizer ringan/non-alcohol, desinfektan, antibakteri, antiseptik, pupuk organik cair, agen pembersih, dan lainnya. Kandungan senyawa metabolit sekunder eco-enzyme berpotensi sebagai antibakteri, antimikroba, antivirus, antioksidan, insektisida, antifungi, dan antifeedant.