Penelitian ini bertujuan untuk : 1) Mengetahui karakteristik e-modul berbasis inkuiri terbimbing (guided inquiry) untuk memberdayakan kompetensi literasi sains pada materi keanekaragaman hayati; 2) Menganalisis kelayakan e-modul berbasis inkuiri terbimbing (guided inquiry) sebagai modul pembelajaran; 3) Menganalisis keefektifan e-modul berbasis inkuiri terbimbing (guided inquiry) untuk memberdayakan kompetensi literasi sains pada materi keanekaragaman hayati.Penelitian ini merupakan penelitian pengembangan yang menggunakan model ADDIE, yaitu: (1) Analyze, (2) Design, (3) Develop, (4) Implement, dan (5) Evaluate. Tahap analyze meliputi analisis kebutuhan melalui wawancara dengan guru biologi serta penyebaran angket kepada guru dan peserta didik untuk mengidentifikasi kondisi awal dan kebutuhan pengembangan bahan ajar. Tahap design dilakukan dengan menyusun rancangan e-modul, menentukan konten materi keanekaragaman hayati berbasis potensi flora Alas Kethu, serta merancang instrumen penelitian yang akan digunakan dalam proses validasi dan uji coba. Tahap develop mencakup kegiatan validasi oleh ahli materi, ahli media, dan ahli bahasa, serta pelaksanaan uji coba terbatas kepada 4 guru biologi dan 20 peserta didik, diikuti dengan uji coba menengah pada satu kelas. Tahap implement dilakukan melalui uji prasyarat, uji statistik parametrik, uji t, dan uji N-Gain pada kelas eksperimen dan kelas kontrol untuk mengetahui keefektifan e-modul menggunakan desain randomized subject pretest-posttest control group. Tahap evaluate mencakup evaluasi formatif dan sumatif terhadap proses dan hasil pengembangan. Hasil penelitian disimpulkan bahwa: 1) Desain e-modul yang dikembangkan dalam penelitian ini berbentuk flipbook dengan fitur Heyzine Canva dilengkapi dengan pembelajaran berbasis model inkuiri terbimbing (guided inquiry), dikaitkan dengan potensi flora Alas Kethu, dilengkapi fitur multimedia, serta dapat diakses melalui laptop maupun gawai menggunakan tautan atau barcode. 2) E-modul memenuhi kriteria kelayakan sangat baik, dengan hasil validasi ahli materi 89,17%, ahli media 90,90%, dan ahli bahasa 93,75%. Hasil  uji coba terbatas kepada 4 guru biologi 99,83% dan 20 peserta didik 92,25%. 3) E-modul yang dikembangkan terbukti cukup efektif untuk memberdayakan kompetensi literasi sains peserta didik, yang ditunjukkan oleh hasil uji Independent Sample t-Test dengan nilai signifikansi 0,00 < 0,05 dan rata-rata N-Gain 0,61 dengan kategori sedang.