Indonesia, terutama di Kabupaten Kulonprogo dan Bantul, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki peran ekologis penting tetapi mengalami ancaman kerusakan. Tanaman bakau genjah (Rhizophora mucronata Lam.) berpotensi menjadi jenis bakau utama dalam rehabilitasi mangrove. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman dan hubungan kekerabatan tanaman bakau genjah di Kabupaten Kulonprogo dan Bantul berdasarkan penanda morfologi. Sampel diambil dengan metode purposive sampling pada tiga populasi, yaitu Hutan Mangrove Wana Tirta bagian utara, Muara Sungai Trisik, dan Pantai Baros. Sampel diambil masing-masing sebanyak 10 pohon meliputi karakter habitus/perawakan, akar tunjang, batang, daun, bunga, dan propagul. Keragaman kualitatif populasi Hutan Mangrove Wana Tirta bagian utara dan Muara Sungai Trisik menunjukkan kemiripan identik sementara populasi Pantai Baros menunjukkan perbedaan pada karakter warna akar dan warna adaksial daun. Keragaman kuantitatif karakter morfologi akar dan batang memililiki nilai tertinggi pada populasi Pantai Baros sementara karakter morfologi propagul memiliki nilai tertinggi pada Hutan Mangrove Wana Tirta bagian utara. Berikutnya, karakter morfologi daun dan bunga menunjukkan nilai yang seragam pada tiga lokasi. Pola kekerabatan individu cenderung mengelompok sesuai asal populasinya. Populasi Hutan Mangrove Wana Tirta bagian utara dan Muara Sungai Trisik memiliki hubungan kekerabatan lebih dekat dibandingkan Pantai Baros.