Kabupaten Brebes merupakan salah satu wilayah sentra produksi bawang merah terbesar di Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan di Desa Siandong, Kecamatan Larangan, Kabupaten Brebes. Produksi bawang merah di Kabupaten Brebes sering menghadapi kendala serangan hama yang menyebabkan gagal panen. Kondisi ini mendorong petani menggunakan pestisida. Penggunaan pestisida dengan bahan aktif klorpirifos pada lahan penanaman di Kecamatan Larangan yang tidak terkontrol dapat mengakibatkan kerusakan lingkungan dan memengaruhi kesehatan manusi. Salah satu cara memperbaiki kerusakan tersebut yaitu dengan memanfaatkan bakteri indigenous. Tujuan penelitian ini mendapatkan isolat bakteri yang dapat mereduksi pestisida klorpirifos dan mengetahui karakteristik bakteri serta menjadikannya sebagai agen bioremediasi pestisida klorpirifos. Penentuan lokasi pengambilan sampel pada penelitian ini menggunakan Purposive Random Sampling. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif kualitatif dan kuantitatif. Tahapan penelitian dilakukan dengan pengambilan sampel tanah, analisis tanah penelitian,isolasi bakteri, uji resistensi, identifikasi fenotip dilakukan dengan karakterisasi morfologi dan karakterisasi fisiologi kemudian identifikasi genotip dilakukan dengan PCR 16S rRNA, serta uji reduksi pestisida pada fase growing cells dan supernatant.
Hasil yang diperoleh menemukan 2 isolat bakteri yang menunjukkan resistensi terhadap 100 ppm pestisida klorpirifos yaitu IB3 dan IB4. Berdasarkan penelitian yang dilakukan isolat IB3 dan IB4 merupakan genus pseudomonas sp. Berdasarkan identifikasi genotip isolat IB3 berkerabat dekat dengan Pseudomonas sp. P038a 16S ribosomal RNA gene, partial sequence, dan isolat IB4 berkerabat dekat dengan Pseudomonas otitidis strain MCC10330 16S ribosomal RNA, partial sequence. Isolat bakteri IB3 tumbuh lebih baik dalam media yang mengandung 100 ppm klorpirifos, sehingga dipilih dan diuji potensinya dalam mereduksi pestisida klorpirifos. Isolat bakteri IB3 pada fase growing cells maupun supernatant dapat menurunkan konsentrasi klorpirifos dari konsentrasi 100 ppm secara berturut-turut sampai 4,77 ppm (95,23%) dan 3,6 ppm (96,40%) dalam waktu 8 hari