Rantai pasok kedelai di Kabupaten Wonogiri menghadapi berbagai kendala struktural yang ditandai oleh rendahnya efisiensi teknis, tingginya biaya logistik, serta ketidakstabilan pasokan, yang pada akhirnya menurunkan daya saing kedelai lokal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis struktur dan kinerja rantai pasok kedelai, mengukur tingkat efisiensi teknis pada setiap tingkat pelaku, serta mensimulasikan skenario kebijakan untuk meningkatkan kinerja sistem menggunakan pendekatan sistem dinamis. Penelitian melibatkan 385 responden yang terdiri atas petani, pedagang, produsen/pengolah, konsumen, serta pakar dan stakeholder yang dipilih melalui kombinasi metode purposive sampling, random sampling, dan expert survey. Data primer dilengkapi dengan data sekunder yang relevan. Pengukuran efisiensi teknis dilakukan menggunakan pendekatan rasio input–output pada tingkat Decision Making Unit (DMU), sedangkan model sistem dinamis dibangun melalui Causal Loop Diagram (CLD) dan Stock Flow Diagram (SFD) untuk mensimulasikan perilaku sistem dari waktu ke waktu.Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai efisiensi teknis pada tingkat petani sebesar 0,81, pedagang 0,90, dan pengolah 0,95, dengan efisiensi teknis agregat rantai pasok sebesar 0,69. Hal ini menunjukkan bahwa hanya 69 persen dari potensi maksimum output kedelai yang mampu mengalir secara efektif dari tahap produksi hingga pengolahan. Inefisiensi terbesar terjadi pada tahap produksi dan distribusi awal akibat susut panen dan pascapanen, tingginya penggunaan tenaga kerja manual, keterbatasan sarana penyimpanan, serta jarak distribusi yang panjang. Inefisiensi tersebut bersifat akumulatif dan berdampak langsung terhadap peningkatan biaya logistik serta harga pokok produksi (HPP). Simulasi skenario menunjukkan bahwa peningkatan efisiensi teknis sebesar 5–10 persen mampu menurunkan biaya logistik dan HPP secara signifikan, meningkatkan volume pasokan efektif, serta memperbaiki stabilitas harga dalam jangka menengah. Perbaikan terintegrasi pada tahap produksi dan distribusi awal memberikan dampak sistemik paling besar. Dalam kerangka sistem dinamis, efisiensi teknis berfungsi sebagai variabel pengungkit yang memengaruhi biaya, harga, dan keputusan produksi melalui mekanisme umpan balik. Penelitian ini memberikan kontribusi dengan mengintegrasikan pengukuran efisiensi teknis dan pemodelan sistem dinamis sebagai dasar perumusan kebijakan peningkatan daya saing rantai pasok kedelai secara berkelanjutan.